Ders AdıKodu Yerel KrediAKTS Ders (saat/hafta)Uygulama (saat/hafta)Laboratuar (saat/hafta)
Biyoinformatik ve Bilgisayar Biyolojisinin EsaslarıBYE520137.5300
ÖnkoşullarYok
YarıyılBahar
Dersin Diliİngilizce
Dersin SeviyesiYüksek Lisans
Dersin TürüSeçmeli @ Biyomühendislik ABD Biyomühendislik Yüksek Lisans Programı (Tezsiz, 2. Öğretim, İngilizce)
Ders KategorisiTemel Meslek Dersleri
Dersin Veriliş ŞekliYüz yüze
Dersi Sunan Akademik BirimBiyomühendislik Bölümü
Dersin KoordinatörüAlper Yılmaz
Dersi Veren(ler)Sevil Yücel
Asistan(lar)ı
Dersin AmacıBiyoinformatiğin temel prensipleri hakkında bilgi vermek, Biyomedikal bilgi teknolojisinin farklı alanlara uygulanmasını öğretmek, Biyoinformatiğin modellemelerde (3D yapı tahmini ve modelleme) kullanılmasını öğretmek
Dersin İçeriğiBilgisayar biyolojisine giriş: protein düzen analizi, nükleik asid düzen analizi, filogenetik (evrimsel genetik) analizi, motif bağlanma, kapalı Markov modelleri, 3D yapı tahmini ve modelleme, Ortaya çıkan alanlara bir bakış; ekspresyonun tarihçesi, sayısal görüntü analizi, hücresel sinyal iletim ağlarının modellenmesi, Biyomedikal bilgi teknolojisi; biyolojik ve medikal verilerle ilgili olarak çağdaş bilgi sistemlerinin dizaynı; veri kazanımı, veri depolama, müşteri-hizmet veren dizaynları, veri değişim protokolları ve bilgisayar modelleme mimarlığı, Bilgisayarlı nöroloji bilimi; sinir sistemine giriş, sinir ve kas hücrelerinin fizyolojisi, sinaps ile ilgili ileti ve algılayan kas hücreleri, İleri biyolojik modelleme: birçok biyolojik ve mühendislik prosesini tanımlayan gerçekçi matematik modellerin düzenlenmesi ve analizi; bilgisayar cebir sistemleri; düzensizlik metodları, optimizasyona giriş.
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
  • Arthur M. Lesk, Introduction to Bioinformatics Oxford University Press, USA; 2 edition (May 12, 2005), ISBN–13: 978-0199277872
  • Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner,An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology) The MIT Press (August 1, 2004), ISBN–13: 978-0262101066
Opsiyonel Program BileşenleriYok

Ders Öğrenim Çıktıları

  1. Öğrenciler biyoinformatiğin esası, biyoinformatiğin kullanılması konularında gerekli temel bilgileri kazanacaklardır.
  2. Öğrenciler biyoinformatik bilgilerini kullanarak protein ve DNA analizinin yapılmasını öğreneceklerdir.
  3. Öğrenciler ileri biyolojik modelleme (birçok biyolojik ve mühendislik prosesini tanımlayan gerçekçi matematik modellerin) düzenlenmesi ve analizini öğreneceklerdir
  4. Öğrenciler biyoinformatiğin kullanıldığı alanlar hakkında bilgi sahibi olacaktır.
  5. Öğrenciler veri depolama ve veri değişimi için kullanılan yazılımları ve protokolleri öğrenecektir.

Haftalık Konular ve İlgili Ön Hazırlık Çalışmaları

HaftaKonularÖn Hazırlık
1Hesapsal biyolojiye girişDers kitabı 1, 2
2Protein dizisi analiziDers kitabı 1, 2
3Nükleik asit dizisi analiziDers kitabı 1, 2
4Filogenetik analizDers kitabı 1, 2
5Bağlanma motifleri, kapalı Markov modelleri, 3 boyutlu yapı tahmini ve modellemeDers kitabı 1, 2
6Mevcut alanlara bir bakış; ekspresyon analizi, sayısal görüntü analizi, hücresel sinyal iletim ağlarının modellenmesiDers kitabı 1, 2
7Biyomedikal bilgi teknolojisi; biyolojik ve medikal verilerle ilgili olarak çağdaş bilgi sistemlerinin dizaynıDers kitabı 1, 2
8Veri kazanımı, veri depolama, işlemci-sunucu tarzında dizaynlarDers kitabı 1, 2
9Ara sınavDers kitabı
10Veri değişim protokolları ve bilgisayar modelleme mimarlığıDers kitabı 1, 2
11Bilgisayarlı nöroloji bilimi; sinir sistemine giriş, sinir ve kas hücrelerinin fizyolojisi, sinaps ile ilgili ileti ve algılayan kas hücreleriDers kitabı 1, 2
12İleri biyolojik modelleme: birçok biyolojik ve mühendislik prosesini tanımlayan gerçekçi matematik modellerin düzenlenmesi ve analiziDers kitabı 1, 2
13Bilgisayar cebir sistemleriDers kitabı 1, 2
14Düzensizlik metodları, optimizasyona girişDers kitabı 1, 2
15Biyoinformatikte kullanılan algoritmalara bakışDers kitabı 1, 2
16FinalDers kitabı

Değerlendirme Sistemi

EtkinliklerSayıKatkı Payı
Devam/Katılım
Laboratuar
Uygulama
Arazi Çalışması
Derse Özgü Staj
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği
Ödev520
Sunum/Jüri
Projeler115
Seminer/Workshop
Ara Sınavlar125
Final140
Dönem İçi Çalışmaların Başarı Notuna Katkısı
Final Sınavının Başarı Notuna Katkısı
TOPLAM100

AKTS İşyükü Tablosu

EtkinliklerSayıSüresi (Saat)Toplam İşyükü
Ders Saati163
Laboratuar
Uygulama
Arazi Çalışması
Sınıf Dışı Ders Çalışması146
Derse Özgü Staj
Ödev58
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği
Projeler110
Sunum / Seminer
Ara Sınavlar (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi)118
Final (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi)125
Toplam İşyükü :
Toplam İşyükü / 30(s) :
AKTS Kredisi :
Diğer NotlarYok