| Ders Adı | Kodu | Yerel Kredi | AKTS | Ders (saat/hafta) | Uygulama (saat/hafta) | Laboratuar (saat/hafta) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Biyoinformatik Analizler | MBG6105 | 3 | 7.5 | 3 | 0 | 0 |
| Önkoşullar | Yok |
|---|
| Yarıyıl | Güz |
|---|
| Dersin Dili | Türkçe |
|---|---|
| Dersin Seviyesi | Doktora |
| Dersin Türü | Seçmeli @ Moleküler Biyoloji ve Genetik ABD Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı |
| Ders Kategorisi | Uzmanlık/Alan Dersleri |
| Dersin Veriliş Şekli | Yüz yüze |
| Dersi Sunan Akademik Birim | Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü |
|---|---|
| Dersin Koordinatörü | Nehir Özdemir Özgentürk |
| Dersi Veren(ler) | İsmail Kocaçalışkan |
| Asistan(lar)ı |
| Dersin Amacı | Bu dersin amacı kompleks biyolojik sistemlerin analizi, nükleik asit ve protein dizi analizlerinin temellerini biyoinformatik araçlar kullanılarak uygulamalı olarak ögrencilerin öğrenmesini sağlamaktır. |
|---|---|
| Dersin İçeriği | Genomiks, GenBank Dizi Databankası, Dizi Birleştirme, Gen Tahmini konuları ve ilgili Programlar (NCBI's Entrez, BLAST, PSI-BLAST, ClustalW, Pfam, PRINTS, BLOCKS, CAP3, PHRAD Prosite and the PDB, ORF Finder,GENSCAN, SCOP & CATH) |
| Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar |
|
| Opsiyonel Program Bileşenleri | Yok |
Ders Öğrenim Çıktıları
- Bu dersin sonunda öğrenciler, Sayısal Biyoloji ve Biyoinformatik hakkında temel kavramları öğrenir.
- Öğrenciler en yaygın kullanılan biyoinformatik programlarının kullanım alanları ve detayları hakkında bilgi sahibi olur.
- Öğrenciler en önemli bioinformatik programlarının kullanım tecrübesi edinir.
Haftalık Konular ve İlgili Ön Hazırlık Çalışmaları
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|---|---|
| 1 | Gen ve Gentik Kodlar | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 2 | GenBank Dizi Data Bankası NCBI | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 3 | GenBank Dizi Data Bankası | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 4 | Dizi Birleştirme | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 5 | Coklu Dizi Birleştirme | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 6 | CAP3, PHRAD | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 7 | ClustalW ve Protein Analizi (Pfam, Prosite, Prints, Blocks) | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 8 | Ara Sınav | |
| 9 | Data Bankası incelemesi BLAST analizi | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 10 | GENSCAN, PSI-BLAST | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 11 | ORF Finder | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 12 | Gen Ontoloji /MATLAB) | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 13 | Mikroarray Data Analizi | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 14 | Protein Data Bankası | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 15 | Protein Katlanmaları, SCOP ve CATH | Ders Kitabı 1 ve İlgili Araştırma Makaleleri |
| 16 | Final Sınavı |
Değerlendirme Sistemi
| Etkinlikler | Sayı | Katkı Payı |
|---|---|---|
| Devam/Katılım | ||
| Laboratuar | ||
| Uygulama | ||
| Arazi Çalışması | ||
| Derse Özgü Staj | ||
| Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği | ||
| Ödev | 1 | 10 |
| Sunum/Jüri | 1 | 10 |
| Projeler | ||
| Seminer/Workshop | ||
| Ara Sınavlar | 1 | 40 |
| Final | 1 | 40 |
| Dönem İçi Çalışmaların Başarı Notuna Katkısı | ||
| Final Sınavının Başarı Notuna Katkısı | ||
| TOPLAM | 100 | |
AKTS İşyükü Tablosu
| Etkinlikler | Sayı | Süresi (Saat) | Toplam İşyükü |
|---|---|---|---|
| Ders Saati | 14 | 3 | |
| Laboratuar | |||
| Uygulama | |||
| Arazi Çalışması | |||
| Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 4 | |
| Derse Özgü Staj | |||
| Ödev | 1 | 30 | |
| Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği | |||
| Projeler | |||
| Sunum / Seminer | 1 | 30 | |
| Ara Sınavlar (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi) | 1 | 30 | |
| Final (Sınav Süresi + Sınav Hazırlık Süresi) | 1 | 40 | |
| Toplam İşyükü : | |||
| Toplam İşyükü / 30(s) : | |||
| AKTS Kredisi : | |||
| Diğer Notlar | Yok |
|---|
